2003 жылдың қазан айынан бастап Қостанай әлеуметтік академиясында «Экономика, құқық және басқару»факультетінің деканы лауазымында жұмыс істейді. Қостанай әлеуметтік академиясының «Қостанай әлеуметтік-техникалық университеті мекемесі» болып қайта тіркелуіне байланысты 2005 жылдың шілде айынан бастап Заң факультетінің деканы лауазымына ауыстырылды. 2006 жылдың мамыр айынан осы университеттің бірінші проректоры болып, 2007 жылдың қыркүйек айынан бастап университет президенті болып тағайындалды. Университетте жұмыс істеген кезінде ол өзін жоғары білікті маман ретінде көрсетті. Бибігүл Зұлқарнайқызы үлкен ғылыми-зерттеу жұмысын жүргізеді және оған 2005 жылы профессор академиялық атағы берілді. Б.З. Алдамжар ЖОО басқару құрылымын қайта ұйымдастыруды жүргізді. Оның басшылығымен студенттерге білім беру сапасының жүйесін бақылау қамтамасыз етіледі, оқу процесіне оқытудың жаңа технологияларын енгізу жүзеге асырылады.

Алдамжар Б. З.  ұжымдағы әлеуметтік-психологиялық ахуалдың жақсаруын үнемі қадағалап отырады. Ол тәртіптік, талапшылдық, қызметтік мәселелерді орындаудағы дәлдік, көрегенділік, аналитикалық және ұйымдастырушылық қабілеттер сияқты қасиеттермен ерекшеленеді. Ол университет қызметкерлерінің қажеттіліктеріне мұқият және сезімтал, қызметкерлер мен студенттермен қарым-қатынаста сыпайы. Профессор-оқытушылар құрамы мен студенттер арасында лайықты беделге ие.