С октября 2003 года работает в Костанайской социальной академии в должности декана факультета «Экономика,  право и управление». В связи с перерегистрацией Костанайской социальной академии в «Учреждение  Костанайский социально-технический университет», с июля 2005 года   переводится на должность декана юридического факультета. С мая 2006 года назначается первым проректором этого  же университета, с сентября 2007 года назначается президентом университета.  За время работы в вузе она проявила себя высоко-квалифицированным специалистом. Бибігүл Зұлқарнайқызы ведет большую научно-исследовательскую работу и ей в 2005 году было присвоено академическое звание профессора. Алдамжар Б.З. провела реорганизацию структуры управления вузом. Под ее руководством обеспечивается контроль системы качества образования студентов, осуществляется внедрение новых технологий обучения в учебный процесс.

Алдамжар Б.З. постоянно следит за улучшением социально-психологического климата в коллективе. Ее отличают такие качества как: дисциплинарованность, требовательность, аккуратность в исполнении служебных вопросов, дальновидность, аналитические и организаторские способности. Она  внимательно и чутко относится к нуждам работников вуза, вежлива в обращении с сотрудниками и студентами. Пользуется заслуженным авторитетом среди профессорско-преподавательского состава и студентов.